Λεπτό έντερο: οι συνηθέστερες κακοήθεις βλάβες του Λ. Εντέρου είναι το αδενοκαρκίνωμα, τα νευροενδοκρινή νεοπλάσματα και τα GIST. Τα νεοπλάσματα του λ.εντέρου είναι σπάνια και ανευρίσκονται μετά από την εμφάνιση άτυπων ενοχλημάτων, όπως το κοιλιακό άλγος, ο αποφρακτικός ειλεός και η αιμορραγία. Η αντιμετώπιση τους είναι σχεδόν πάντα χειρουργική και εξαρτάται από την εντόπιση του νεοπλάσματος, τα συμπτώματα και το ιστορικό του ασθενούς.

Παχύ έντερο: ο καρκίνος του παχέος εντέρου είναι μια από τις συχνότερες μορφές κακοήθειας του ανθρώπου. Οι βασικοί αιτιολογικοί και προδιαθεσικοί παράγοντες είναι το κάπνισμα, το αλκοόλ, η έλλειψη άσκησης, η ηλικία και η παχυσαρκία. Επίσης συγκεκριμένες ομάδες ασθενών με οικογενειακό ιστορικό κακοήθειας παχέος εντέρου, η παρουσία φλεγμονώδους νόσου του εντέρου καθώς και συγκεκριμένα γενετικά σύνδρομα, προδιαθέτουν στην εμφάνιση νεοπλασμάτων του παχέος εντέρου. Αναλόγως της εντόπισης του νεοπλάσματος, υπάρχουν και τα αντίστοιχα συμπτώματα, όπως η χρόνια αναιμία, ο ειλεός του παχέος εντέρου και η απώλεια αίματος από το ορθό.
Η αντιμετώπιση των νεοπλασμάτων του παχέος εντέρου αποτελεί μια σύγχρονη πρόκληση, η οποία απαιτεί την συνεργασία διαφορετικών ιατρικών ειδικοτήτων στο πλαίσιο ενός ογκολογικού συμβουλίου. Η λήψη αποφάσεων πρέπει να βασίζεται στις σύγχρονες κατευθυντήριες οδηγίες και στην ύπαρξη έμπειρης χειρουργικής ομάδας με σκοπό το βέλτιστο ογκολογικό αποτέλεσμα.
Το είδος της χειρουργικής επέμβασης καθώς και η τεχνική, ανοιχτή ή λαπαροσκοπική, εξαρτάται από την εντόπιση του όγκου και την εκπαίδευση της χειρουργικής ομάδας.

Λοιπές παθήσεις: πέραν των κακοηθειών, το λεπτό και το παχύ έντερο εμφανίζουν μια πληθώρα κυρίως καλοήθων παθήσεων. Μια από τις συχνότερες παθολογίες είναι η παρουσία εκκολπωμάτων, κυρίως στο παχύ έντερο, η οποία οφείλεται στον λεγόμενο Δυτικό τρόπο ζωής, με την έννοια της κακής διατροφής και της έλλειψης άσκησης. Εμφανίζεται με την μορφή εξάρσεων και υφέσεων και απαιτεί χειρουργική παρέμβαση σε περιπτώσεις επιπλοκών, όπως η διάτρηση και σε περιπτώσεις πολλαπλών υποτροπών της νόσου η οποία επηρεάζει την ποιότητα ζωής του ασθενούς. Άλλες καλοήθεις χειρουργικές παθήσεις του εντέρου είναι η παρουσία συμφύσεων, οι εσωτερικές κήλες και οι φλεγμονώδεις νόσοι του εντέρου.
Τέλος ιδιαίτερη μνεία πρέπει να γίνει στην λεγόμενη ενδομητρίωση, η οποία μπορεί να εντοπίζεται είτε ενδοκοιλιακά σε τμήματα του παχέος εντέρου είτε εντός του κοιλιακού τοιχώματος. Η αιτιολογία της συγκεκριμένης πάθησης είναι ποικίλη και η ετερογένεια των συμπτωμάτων προκαλεί δυσκολία και καθυστέρηση στην διάγνωση. Η αντιμετώπιση εξαρτάται προφανώς από την εντόπιση, καθώς η ενδομητρίωση του παχέος εντέρου μπορεί να απαιτεί τοπική ή πιο εκτεταμένη κολεκτομή, ενώ η ενδομητριώση του κοιλιακού τοιχώματος απαιτεί την εκτομή της συγκεκριμένης αλλοίωσης συνήθως μαζί με τμήμα των κοιλιακών μυών.